北京卫生职业学院由原北京卫生学校、北京护士学校、北京市中医学校3所中专学校组建而成，这三所学校都有着几十年的办学历史，经过多方查阅资料，反复仔细核实斟酌，学校初步整理出3所学校的历史沿革。
北京卫生学校的前身是1929年4月由华北药学会创办的“北京市卫生局药剂学讲习所”，校址在北京市东城区钱粮胡同，距今已有90年的历史。1931年改名为“药学讲习所”，1933年校址迁至北京市东城区北池子北口风神庙，1934年迁至北京市东城区本司胡同甲59号，1951年9月更名为“北京市药科学校”，1953年9月又改名为“北京市药剂学校”。1955年12月与北京市医士学校合并，正式命名为“北京市卫生学校”，校址在北京市西城区水车胡同14号。1973年9月校址迁至北京市宣武区南横西街94号，校名为“北京卫生学校”。
北京护士学校为美国基督教卫理公会1889年建立的华美学校，与周边的卫理公会创办的潞河中学、富育女校构成一个学校群体。1949年6月，华北公共卫生人员训练班由河北正定迁至此。该班创办于1948年，全称为“联合国儿童急赈基金会暨解放区救济总会合办华北公共卫生人员训练班”，1952年，该班改建为河北省通县卫生学校。1958年8月，北京市第二护士学校迁址到此。1959年5月改名为通州卫生学校，1960年2月改名为北京市通县卫生学校。1975年8月，以北京卫校分校和北京卫校医士学科为基础，组建北京第二卫生学校，1981年5月12日改名为北京护士学校。
北京市中医学校于1973年3月建校，原名通县卫生学校，校址位于北京市通州镇西大街11号。1984年9月10日，通县人民政府批复，同意征用通县梨园乡杨家洼大队耕地34亩地，用于新建卫生学校占地。1987年10月，北京市人民政府办公厅发文批复通知，市政府同意“通县卫生学校”改名为“北京市中医学校”。
三所学校历尽沧桑，砥砺前行，在医疗卫生人才教育各方面都取得了骄人业绩，为后来组建北京卫生职业学院奠定了坚实的基础。
